O Conselho do Centro é o órgão deliberativo do Centro para os assuntos de administração, ensino, pesquisa e extensão sendo integrado atualmente pelos seguintes membros:

1. diretor, como seu presidente;
2. vice-diretor, como vice-presidente;
3. dez representantes docentes do Centro, com mandato de dois anos, eleitos por seus pares do Centro;
4. dois representantes do corpo discente, com mandato de um ano, eleito por seus pares;
5. dois representantes do pessoal técnico-administrativo do Centro, com mandato de dois anos, eleito por seus pares.
6. um representante do CCNH, com mandato de dois anos, eleito por seus pares do Centro;
7. um representante do CECS, com mandato de quatro anos, eleito por seus pares do Centro;